In Silent Hill - Homecoming kruip je in de huid van Alex Shepherd, die terugkeert naar zijn geboortstad Shepherd's Glen om de plotselinge verdwijning van zijn broer te onderzoeken. Op zoek naar zijn broer wordt Alex onderweg van Shepherd's Glen tot Silent Hill geconfronteerd met de meest angstaanjagende situaties. Terwijl het door alle gruwelijke gebeurtenissen steeds moeilijk wordt om grip op de realiteit te krijgen, probeer je het mysterie achter Alex nachtmerries te ontrafelen om zo de waarheid over zijn broers verdwijning boven water te krijgen...